Program Studi Magister Akuntansi (selanjutnya disingkat PSMA) berdiri tahun 2008. Pada awalnya PSMA dikelola oleh Program Pascasarjana Universitas Andalas. Tetapi, pada tahun 2012 terjadi perubahan kebijakan, dimana program studi monodisiplin diserahkan kepada masing-masing fakultas dan yang multi disiplin tetap berada di bawah pengelolaan Pascasarjana Universitas Andalas. Oleh sebab itu, sejak tahun 2012 tersebut PSMA berada di bawah pengelolaan Jurusan Akuntansi Fakultas Ekonomi Universitas Andalas. Sejak itu pula, Visi Misi PSMA disesuaikan dengan Visi Misi Jurusan Akuntansi Fakultas Ekonomi Universitas Andalas. Pendidikan pada program S2 ditempuh dalam jangka waktu 2 tahun atau 4 semester. Terdapat 3 bidang keilmuan (konsentrasi) pada Program Studi S2 yakni Akuntansi Keuangan, Akuntansi Manajemen, dan Akuntansi Sektor Publik.